Awal pendirian STIKES Muhammadiyah Manado, diprakarsai oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah (PWM) Sulawesi Utara yang dipimpin oleh Alm. Drs. H. Anwar Panawar, M.AP dan Alm. Rusman Saud, B.Sc. sebagai sekretaris PWM Sulawesi Utara, dan tokoh-tokoh lain diantaranya dr. Suyanto Yusuf dan Bapak Agus A. Laya, SKM., M.Kes yang merupakan aktivis organisasi persyarikatan Muhammadiyah di Wilayah Sulawesi Utara. Dalam perkembangannya, turut bergabung bersama dalam memprakarsai terbentuknya STIKES Muhammadiyah Manado diantaranya Bapak Suwandi I. Luneto, S.Kep.,M.Kes, Bapak I Made Rantiasa, S.Kp.,M.Kes dan Ibu Ns. Zainar Kasim, S.Kep.,M.Kes yang merupakan praktisi profesional kesehatan di RSUP. Prof. Dr.R.D. Kandou Manado. Pada tanggal 17 Maret 2008 Surat Keputusan Dirjen DIKTI No 48/D/O/2008 diterbitkan sebagai legalitas bentuk perguruan tinggi STIKES Muhammadiyah Manado.

Pada awal mula pendirian STIKES Muhammadiyah Manado hanya terdiri dari 3 (tiga) program studi yaitu : S1 Ilmu Keperawatan, D3 Kebidanan dan D3 Farmasi yang semuanya beralamat di Kampus Istiqlal (Kampung Arab) Jln. Satsuit Tubun No.9 Manado. Pada tahun 2014, kampus STIKES berpindah ke lokasi yang baru yaitu di kelurahan Pandu Lingkungan 3 (Pangiang) Kecamatan Bunaken. Seiring berkembangnya waktu dan tuntutan kebutuhan tenaga kesehatan di wilayah Sulawesi Utara maka pada tahun 2020 STIKES Muhammadiyah Manado menambahkan 2 (dua) program studi baru yaitu S1 Gizi dan Pendidikan Profesi Bidan. Dalam menjawab kebutuhan masyarakat dan persaingan pendidikan ditingkat lokal, maka persyarikatan Muhammadiyah Sulawesi Utara menjawab kebutuhan tersebut dengan melakukan alih bentuk perguruan tinggi dari STIKES Muhammadiyah Manado menjadi Universitas Muhammadiyah Manado (UNIMMAN).

Atas usulan Majelis Dikti Pimpinan Pusat Muhammadiyah, untuk melakukan proses alih bentuk perguruan tinggi dari STIKES menjadi Universitas. Berdasarkan Surat Edaran Menristekdikti tanggal 21 September 2016 Nomor: 2/M/SE/lX/2016 Tentang Pendirian Perguruan Tinggi Baru dan Pembukaan Program Studi, kebijakan pemberian izin pendirian perguruan tinggi swasta baru dan pembukaan program studi salah satunya adalah pembukaan di bidang science, technology, engineering, dan mathematic (STEM). Program Studi baru yang diusulkan adalah Program Studi S1 Bisnis Digital dan S1 Manajemen Retail. Berdasarkan ketentuan tersebut dibentuklah tim percepatan perubahan bentuk Universitas yang diketuai oleh Bapak DR. Rivai Bolotio, M.Pd. dan terdiri atas beberapa unsur ortom diantaranya PWM, PWA, BPH STIKES Muhammadiyah Manado dan unsur institusi yang berkompeten dibidangnya.

UNIMMAN sebagai Perguruan Tinggi Muhammadiyah merupakan amal usaha yang bergerak di bidang pendidikan, pengajaran dan dakwah amar ma’ruf nahi munkar. UNIMMAN telah mendapatkan legalitas operasional melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Republik Indonesia Nomor : 77/E/O/2022 tentang Izin Perubahan Bentuk Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Muhammdiyah Manado di Kota Manado menjadi Universitas Muhammadiyah Manado di Kota Manado Provinsi Sulawesi Utara yang diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah pada tanggal 16 Februari 2022 di Jakarta. Universitas Muhammadiyah Manado dipimpin oleh Rektor pertama yaitu Agust Arthur Laya, S.KM., M.Kes.